Дискуссия по поводу тестов

Тут идет дискуссия по поводу специфичности тестов, автор меня в нее любезно пригласил. Желающие могут почитать. Там не все, так как автор скрыл несколько моих комментариев, но я их сюда выложу, для полноты картины.





Скрытый коммент 1

Скрытый коммент 1



Collapse )

Мнение по поводу выделения ВИЧ

Вирусологи пытались выделить вирус, но из-за техник выделения и загрязнения у них

(1) клетки начали гибнуть от апоптоза (индуцированного добавлением кортизола в стимулированные лимфоциты) и микоплазмы ("цитопатический эффект ВИЧ");

(2) вышли эндогенные ретровирусы (появилась "обратная транскриптаза ВИЧ");

(3) появились новые белки (белки эндогенных ретровирусов, белки теплового шока и другие);

(4) появилось много клеточных белков актина ("gp41 ВИЧ") и мономера миоцина ("p24 ВИЧ") в клеточных обломках в градиенте, которые дали сигнал с аутоантителами в сыворотках СПИД-пациентов;

(5) полезли микровезикулы ("фото ВИЧ"), они нестабильны вне клетки в отличие от вирусов, поэтому пришлось делать химическую "фиксацию" и ультратонкие срезы "фиксированных" культур для электронной микроскопии;

(6) в клетках накапливалась рекомбинантная неинтегрированная ДНК (рекомбинация транскриптов эндогенных ретровирусов, клеточных и может бактериальных генов внутриклеточных бактерий, может еще каких ДНК-вирусов) - так появилась "уникальная последовательность ВИЧ", которая по показаниям бласта на 50% идентична с эндогенным ретровирусом HERV-К. Они эту ДНК заклонировали, назвав ее "клоном ВИЧ";

(7) длинный зонд на основе "клона ВИЧ" не "прилеплялся" к ДНК ВИЧ-положительных и "геном ВИЧ" у них не определялся;

(8) тогда посредством ПЦР на неспецифичных праймерах стали определять короткие фрагменты "генома ВИЧ" (около 1% от длины) и таким образом проблема отсутствия генома ВИЧ у ВИЧ-положительных была решена;

(9) но возникла проблема наличия генома ВИЧ и миллионные "вирусные нагрузки" у ВИЧ-отрицательных;

(10)  иммунные блоты на основе белков "очищенного вируса" практически никогда не давали более 1-2 полос с сыворотками СПИД-пациентов (в основном полосу давали аутоантитела к актину ("gp41 ВИЧ"), которого полно в "очищенном вирусе"), поэтому в блоты стали "класть" все клеточные белки, после чего они стали давать полосы "характерные для ВИЧ-инфекции"

(11) после этого на блоте стало невозможно в принципе отличить специфические реакции от неспецифических;

(12)  сайд-эффектом подобного "выделения" стало отсутствие доказательств наличия РНК ВИЧ в вирионах ВИЧ, отсутствие фотографий "ВИЧ" из плазмы;

(13) чтобы объяснить миллионные "вирусные нагрузки" у ВИЧ-отрицательных и присутствие всех клеточных белков на иммунных блотах, а также отсутствие контролей в экспериментах, плавно ставшее системным методическим подходом ВИЧ-науки, были сформированы группы оплачиваемых пропагандистов - в результате история изучения "ВИЧ" перестала быть историей научных исследований.

Чтобы объяснить рак нужно стать научным изгоем

Проблемы с научным сообществом у Питера Дюсберга начались еще до того, как он заявил, что ВИЧ не вызывает СПИД. Дюсберг был первым, кто смог изолировать онкоген, но к началу 1980-х стал сомневаться, что онкогены как-то связаны с раком. 


После того, как Дюсберг подвергся обструкции, он смог пересмотреть бытовавшие в то время теории рака. Итогом этим размышлений и многолетних экспериментов стала сформулированная совместно с Д. Расником анеуплоидная теория рака, основанная на гипотезе, высказанной более 100 лет назад.  Данная теория ставит крест на патологической роли онкогенных ретровирусов, например, HTLV-1, HTLV-2, открытых в лаборатории Галло (считается, что через 40 или более лет после заражения эти вирусы иногда приводят к лимфоме).  


Вот что пишет про теорию анеуплодии Расник:


«Почти все из нас так или иначе связаны с раком. Страх общества перед раком сегодня равен страху перед чумой в Средние века. Это неудивительно, учитывая историю научных исследований в этой области.


Я пишу новую книгу, в которой я делюсь с вами продуктивными плодами 20-летнего путешествия, глядя на него с совершенно новой точки зрения ...


Моя цель состоит в том, чтобы прояснить тему, и это прояснение может быть подавляющим—даже для ученых—и в процессе заменить страх, насколько это возможно, силой знания. Единственный способ сделать это — действительно понять, как рак начинается и развивается, чтобы придумать эффективные методы лечения, которые не являются вредными.


Collapse )

ВИЧ и витамин С

Витамин С в экспериментах в культуре более эффективно подавлял репликацию ВИЧ, чем АЗТ. Я так понимаю, что клинические исследования на базе этих предварительных результатов проведены не были.

Смотрите:

Harakeh S, Jariwalla RJ.Ascorbate effect on cytokine stimulation of HIV production. Nutrition. 1995 Sep-Oct;11(5 Suppl):684-7.

Harakeh S, Jariwalla RJ. NF-kappa B-independent suppression of HIV expression by ascorbic acid, AIDS Res Hum Retroviruses. 1997 Feb 10;13(3):235-9.

Harakeh S, Niedzwiecki A, Jariwalla RJ. Mechanistic aspects of ascorbate inhibition of human immunodeficiency virus. Chem Biol Interact. 1994 Jun;91(2-3):207-15.

Harakeh S, Jariwalla RJ. Comparative study of the anti-HIV activities of ascorbate and thiol-containing reducing agents in chronically HIV-infected cells. Am J Clin Nutr. 1991 Dec;54(6 Suppl):1231S-1235S.

Harakeh S, Jariwalla RJ, Pauling L. Suppression of human immunodeficiency virus replication by ascorbate in chronically and acutely infected cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 1990 Sep;87(18):7245-9.

Не существует ни одного функционального клона ВИЧ, выделенного из плазмы

Имеются два основных подхода к клонированию ВИЧ-последовательностей:

(1) культивирование лимфоцитов ВИЧ-положительного с раковыми клетками, митогенами, гормонами, аллоантигенами и т.п. с последующим "вырезанием" провирусной последовательности ВИЧ из клеточной ДНК;

(2) ОТ-ПЦР фрагментов последовательности ВИЧ из плазменных НК с последующим их склеиванием в единую последовательность ВИЧ.

Что такое функциональный клон? Если последовательность ВИЧ встроить в плазмиды, и эти плазмиды ввести в клеточную культуру, то последовательность ВИЧ встроится в клеточные ДНК, и в культуре начнется ВИЧ-инфекция. Опустим за скобки достоверность выявления ВИЧ-инфекции в культуре (то есть производства вирионов ВИЧ, пакующих РНК ВИЧ) на основе использующихся маркеров инфекции.

Мне не удалось найти функциональных клонов, которые были бы получены методом (2), то есть все клоны из плазмы неинфекционные [если кто-нибудь приведет ссылку на подобный клон, то этот пост будет исправлен].

Это наводит на мысль, что "функциональный клон" ВИЧ может быть артефактом культивирования клеток в условиях химического стресса из-за применения техник "выделения ВИЧ". "Функциональность" же этого клона - артефакт неправильных маркеров выявления ВИЧ-инфекции в культуре.

Какое подтверждающее выделение вируса имеют право право требовать ВИЧ-положительные?

Не устану повторять, что ИФА/иммунный блот являются скрининговыми тестами, а ПЦР в том виде, который используется в ВИЧ-индустрии, - это просто издевательство над диагностикой.

Как можно доказать наличие ВИЧ в организме?

1. Взять плазму, медленным центрифугированием удалить "мусор"

2. Быстрым центрифугированием в градиентах плотности 20-60% раствора сахарозы очистить вирионы

3. Проверить активность обратной транскриптазы посредством соответствующих инструментов и наличие p24 посредством моноклональных антител во фракциях, соответствующих градиентам 1,16-1,17 г/мл

4. До лизирования очистить эти фракции РНКазой, потом протеазой

5. Очистить лизированные фракции из полос 1,16-1,17 г/мл от ДНК ДНКазой

6. Экстрагировать РНК

7. Разделить их по длине

8. Произвести long ОТ-ПЦР на праймерах, специфичных для 5' и 3'-концов последовательности ВИЧ для РНК размером около 9 Кб с учетом всех рекомендаций, позволяющих минимизировать возможную рекомбинацию.

9. Произвести секвенирование получившихся ДНК размером около 9 Кб

10. Произвести сравнение выравненных последовательностей с ВИЧ посредством blast alignment.

Подозреваю, что ВИЧ-инфекция не подтвердится у примерно 100%.

P.S. Скажут, что это дорого. Но это на порядки дешевле закупок АРТ на одного пациента.

Клоны ВИЧ не ретровирусного происхождения

На защиту выносятся тезисы: 

(1) не существует ни одного клона ВИЧ, который был бы получен из РНК;

(2) не существует ни одного клона ВИЧ, который был бы получен из РНК или ДНК, содержащихся в частицах, очищенных диапазоном градиентов плотности 1,1-1,24 г/мл (используется для очистки вирусов);

(3) доказательства связи клонов ВИЧ с РНК или ДНК, которые содержатся в частицах, очищенных диапазоном градиентов плотности 1,1-1,24 г/мл, слабые или отсутствуют.

Тезисы сформулированы на основе анализа работ по клонированию ВИЧ, протоколов клонирования ВИЧ и анализа работ по изучению свойств очищенных градиентами плотности «вирионов ВИЧ».

Как "доказывали", что ВИЧ вызывает СПИД

В митоген-стимулированные лимфоциты добавляли гормоны, в частности, гидрокортизон.


Из статьи «Hydrocortisone and some other hormones enhance the expression of HTLV‐III»:


"Кроме того, выделение HTLV-III из лимфоцитов, созданных в культуре от пациентов с синдромом приобретенного иммунодефицита (СПИД), комплекса, связанного со СПИДом (пред-СПИД), и здоровых доноров с высоким риском, было значительно облегчено включением гидрокортизона в питательные среды. В 13/20 первичных клеточных культур, протестированных у пациентов со СПИДом и пред-СПИДом, у которых был выделен вирус, количество продуцируемых вирусов было повышено с низких до легко обнаруживаемых уровней в тех, в которые был включен гидрокортизон. В 3/20 протестированных образцах вирус был обнаружен и выделен из клеточных культур, дополненных гидрокортизоном, но он не обнаруживался в тех культурах, в которые не добавляли гормон. Эти эксперименты показывают, что гидрокортизон, легкодоступная и недорогая добавка к среде для культивирования клеток, может облегчить обнаружение и выделение HTLV-III"


Итого, у 16 из 20 СПИД-пациентов в этом исследовании «ВИЧ-инфекция» была обнаружена (создана) посредством гидрокортизона.  Такая вот методика.


Как известно, гидрокортизон вызывает апоптоз в митоген-стимулированных лимфоцитах («цитопатический эффект ВИЧ») и выход HERV-K («рост уровня обратной транскриптазы»).


Те, кого принято называть учеными, были убеждены столь выдающимися доказательствами. 

Какой плотности вирионы ВИЧ?

Интересный график в исследовании «Basic Residues in Human Immunodeficiency Virus Type 1 Nucleocapsid Promote Virion Assembly via Interaction with RNA»

График показывает уровень обратной транскриптазы в разных фракциях «очищенного вируса», которые концентрируются в различных полосах плотности. Квадраты — это уровень обратной транскриптазы, треугольники — градиент плотности.  На графике видно, что в полосе плотности 1,16 г/мл — характерной для ретровирусов — обратная транскриптаза отсутствует. Она в небольшом количестве появляется на полосе 1,17 г/мл и пропадает на полосе 1,22 г/мл с пиком на полосе 1,19 г/мл.  

Подобное распределение содержащих обратную транскриптазу частиц в полосах плотности не похоже на ретровирус, а скорее смахивает на микоплазму.