September 4th, 2021

В поисках вирусной инфекции

Интересную картину покрытия вирусного генома получают при прямом РНК-секвенировании всей РНК из зараженной культуры Vero E6:


То есть выявляется исчезающе малое число полных вирусных геномов, собранных из кусков. А вирусы при заражении должны просто кишеть.

Прямое секвенирование РНК демонстрирует лженаучность вирусологии

Вот его применяют для ВИЧ. Взяли фильтрованный супернатант зараженных разными штаммами ВИЧ клеток, так называемый изолят ВИЧ, который по замыслу должен содержать огромное количество вирусных частиц.

Всего заражали 15 клеточных культур и получили 15 так называемых изолятов ВИЧ.

Методом прямого секвенирования РНК полный геном ВИЧ смогли собрать из кусков только для 3-х (!) изолятов. И в этих 3-х изолятах число ридов, давших полное покрытие, исчезающе мало по сравнению с общим числом ридов. Грубо говоря, в изоляте число слепленных из кусков полных геномов исчезающе мало, а их должно быть полно.
Это без обсуждения так сказать научности самого метода построения покрытия.

Вот тут показано, что методом прямого РНК-секвенирования в мазках ковидных больных, так сказать in vivo, не смогли обнаружить ни одного полного генома SARS-CoV-2.

Вот тут показано, что in vitro при заражении культуры вирусом SARS-CoV-2 получают исчезающе малое число слепленных из кусков полных вирусных геномов.

UPD. Причем в работе в секвенатор запихивали всю клеточную РНК, а не РНК из "вирусного изолята".
А вот тут показано покрытие, которое достигается при запихивании в секвенатор РНК из "вирусного изолята", выделенного из зараженных клеток Vero E6 - ни одного полного генома собрать не удалось, причем на интервале 9000-17000 даже там, где покрыто, покрытие - единичное (1-5), это смех, приборная ошибка.

UPD. Число полных геномов энтеровируса от 0 до около 0 в 4-х образцах.


Сумма этих наблюдений показывает, что собранный из кусков полный вирусный геном - это крайне редкое, от 0 до нескольких десятков, явление там, где этих геномов должно быть огромное количество (UPD - in vitro и in vivo). То есть "полный геном" вообще смахивает на погрешность метода.

Мне представляется, что вирусологическому сброду имеет смысл что-то делать с прямым секвенированием РНК, а то развитие метода рискует оставить их без работы с ярлыком шарлатанов, коими они несомненно и являются.