cryptopolicy

Categories:

"Я его слепила из того, что было"


Сейчас в сети появилось много постов на тему того, что SARS-CoV-2 не был выделен. У вирусологов ОТ-ПЦР на праймерах от старых версий коронавируса с последующим секвенированием ампликона считается выделением. При подобном подходе должна быть нулевая итерация, то есть когда-то на заре корона-вирусологии вирусологи должны были очистить коронавирусные частицы, выделить из них РНК, отсеквенировать ее и на этом основании увязывать выделенные из современных образцов гомологичные РНК с коронавирусами.    

Первая более менее приличная секвенс коронавирусов приводится тут https://sci-hub.do/10.1099/0022-1317-68-1-57

А вот как выглядит описание секвенирования. Ну то есть они обратно транскрибировали все РНК из градиента (по сути, на случайных праймерах), получили библиотеку кДНК, затем отсеквенировали 14 кДНК из нее и слепили из фрагментов итоговую секвенс.

И почему итоговая секвенс не артефакт процедуры подобного cеквенирования? Где тут показано, что в природе реально существует РНК около 30 Кб с полученной последовательностью?

1. 

2. 

Со временем перешли к ОТ-ПЦР, но праймеры уже использовали, сконструированные на основе этих первых секвенсов. 

И вопрос —  все остальные секвенсы коронавирусов получены случайно не из фрагментов с «подгоном» под заданную гомологию? Типа как тут https://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/15353702-0322807-13, намножили на праймерах 125 фрагментов и слепили из них аналитическими методами итоговую 30 Кб секвенс: 

"In total, 125 sequence contigs were used in the complete genome assembly. The full genome length of SARS CoV HK-39 was found to be 29,749 bp".
 

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic