cryptopolicy

Category:

Непонятки с клонированием вирусов

Там есть этап, когда берется, грубо говоря, раствор с плазмидами и пипеткой капается на бактериальные клетки. При этом в плазмидах могут быть самые разные вставки — тот же Галло при клонировании ВИЧ загонял в плазмиды все low-weight ДНК из зараженных клеток.  

Для клонирования и последующего секвенирования важно, чтобы один фаг попал ровно в одну бактериальную клетку. Вирусологи утверждают вот что:

Я не понимаю, как технически выполнить эту процедуру с учетом размера капли в пипетке, плазмиды и бактериальной клетки. Сколько этих плазмид в одной капле никто не знает; как они располагаются в капле тоже неизвестно; где гарантия, что на одну клетку не попадет более двух капель; сколько плазмид в итоге попало на одну клетку тоже никто не знает. Рассуждения о «низкой вероятности» тут не применимы в принципе.

И самое главное, как проверить, что таки бляшка произошла от одного фага? Иначе вы затем насеквенируете вставки из разных фагов и получите смесь вирусного генома и клеточного в итоговом секвенсе.  


Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic