cryptopolicy

Category:

Праймеры дядюшки Сенгера

Для секвенирования методом обрыва цепи нужно иметь праймеры к секвенируемой матрице. Сенгер разрезал матрицу рестриктазами и получившиеся фрагменты использовал как праймеры. Нюанс в том, что  для секвенирования части матрицы нужно много одинаковых праймеров.

На картинке желтый — копии секвенируемой матрицы, красный — праймеры, зеленый — синтезированные «оборванные» цепи. Чтобы секвенировать часть матрицы между оранжевыми вертикальными линиями нужно много одинаковых по последовательности копий праймеров, которые прилипнут в одном месте по принципу комплементарности. Если же в наборе праймеров будут праймеры разных последовательностей, то синтезированные оборванные цепи будут относиться к разных фрагментам матрицы (показал вопросами на рисунке) и в итоге на «лестнице Сенгера» получится чушь.

Как Сенгер получал праймеры? Для этой цели он резал матрицу определенной рестриктазой и разделял полученные фрагменты на геле по длине. Затем просто брал все фрагменты одинаковой длины и считал, что они одинаковые по последовательности. По мне, данное предположение абсолютно ничем не обосновано и смахивает на явное мошенничество — в этой куче могли быть разные по последовательности фрагменты одинаковой длины.

Более того, сам Сенгер это впоследствии и показал. Например, он использовал в качестве праймера фрагмент A12D, но мы видим, что очень близкую длину имеют также фрагменты A12C и A12B (подчеркнул). 

Как он их разделил на геле — если это вообще возможно — нам не показано, также неизвестна разрешающая способность геля.   

В общем, гели Сенгера — ловкость рук даже с точки зрения праймирования.  

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic