Category: животные

Можно ли по-другому объяснить иммунный блот?

Для производства иммунных блотов для ВИЧ используется клеточный лизат из зараженной линии. Все белки, полученные из клеток, распределяют в соответствии с их массой. То есть не отделяют вирусные белки от клеточных, а «кладут» вместе.

Мне попались на глаза иммунные блоты (в работе «Characterization of an Envelope Mutant of HIV-1 That Interferes with Viral Infectivity»), в которых сначала в качестве антигенов использовались все белки из зараженной линии, а потом только белки «очищенного вируса», полученные с помощью очистки градиентом (хотя это тоже не полноценная очистка и в этом случае на блоте будет полно клеточных белков). На основе анализа этих блотов можно сделать некоторые выводы о специфичности массового тестирования и не только.

(1) Смотреть надо на линии 2 и 5. Линия 2 — это блот, сделанный из антигенов клеточного лизата, линия 5 — это блот сделанный из «очищенного вируса». Сыворотка использовалась одна и та же. Но мне представляется, что блот 2 был бы признан положительным, а блот 5 не был бы признан положительным по ряду рекомендаций. Напомню, в реакцию вступала одна и та же сыворотка.

(2) Смотрим на блот 1. Он делался из лизата незараженных клеток. При этом антитела из той же самой сыворотки дали сигнал для белков, которые промаркированы как p24, p55 и gp41 (немного выше).  А могли ли данные белки пройти очистку градиентом и дать сигнал на блоте 5? Ну то есть, видим ли мы на блоте 5 хотя бы один специфический сигнал, кроме gp160? Методика тестирования на этот вопрос не дает ответа.

Collapse )

Про одно из доказательств Галло

Вспомним, что одним из 4-х доказательств Р. Галло было то, что ВИЧ убивал Т-лимфоциты в культуре.  

Из одной статьи:

"Известно, что шимпанзе, инфицированные ВИЧ-1, устойчивы к прогрессии иммунодефицита. У них, в отличие от инфицированных людей, отсутствует дисфункция Т-клеток, не отмечается усиление апоптоза лимфоцитов. В то же время in vitro инфекция культуры Т-лимфоцитов шимпанзе ВИЧ-1 приводит к полному лизису клеток в течение трех недель. Почему вирус, убивая CD 4+ лимфоциты in vitro, не убивает их in vivo?"

Доказательство Галло перестает быть доказательством?


Некоторые дефекты в логике

В важной для последующего изложения статье НАРУШЕНИЕ БАРЬЕРНОЙ ФУНКЦИИ СТЕНКИ КИШКИ И МИКРОБНАЯ ТРАНСЛОКАЦИЯ ПРИ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ имеется один логический дефект. Который позволяет утверждать, что де у макак опыты in vivo по заражению ВИО приводят к развитию иммунодефицита.

Я его попробую продемонстрировать, этот логический дефект.  

Цитата:

«У макак, для которых типично прогрессирующее течение инфекции [ВИО-инфекции], было отмечено значительное снижение количества кишечных CD4-лимфоцитов уже через несколько дней после инфицирования ... Поражают скорость и объем поражения: уже спустя 10 дней после заражения 60% CD4-клеток кишечника поражаются вирусом, а спустя 14 дней – практически все эти клетки погибают [19]».

Вот это вот снижение и является якобы свидетельством прогрессирования СПИДа.

Что там делали? Новорожденных макак заражали ВИО в течение 24 часов после рождения, а потом убивали. Поэтапно. Через 7, 14, 21, 50 дней. И отслеживали количество наивных CD4-клеток кишечника у убитых макак. 

Что дальше пишет автор?

Collapse )

Если ли в иммуноблоте человеческие белки?

В одном из предыдущих постов (https://cryptopolicy.livejournal.com/2776.html) я немного писал про иммуноблоты. 


Тезисно:


1. Практически все применяющиеся при диагностике иммуноблоты являются лизатными (на 2019 год). Потому что лизаты считаются более чувствительными тестами, чем блоты из рекомбинантных белков.


2. Лизатные иммуноблоты в качестве антигенов содержат человеческие белки. Ниже я покажу, что в лизатных иммуноблотах много человеческих белков, которые по массе идентичны вирусным. 


3. Если в человеческом организме есть аутоантитела к данным белкам, то они окрасят полосы. При этом невозможно отличить чем именно были окрашены полосы: специфической реакцией «вирусный антиген — антитело к вирусному белку» или неспецифичеcкой реакцией «антиген человеческого белка — аутоиммунное антитело»


4. Если неизвестно, специфическая или неспецифическая реакция окрасила  каждую полосу, то распределение окрашенных полос не даст ровным счетом ничего для правильной постановки диагноза.


Для изготовления лизатных иммуноблотов (упрощенная схема):


1. Производится специальная очистка флюидов зараженных клеток. 


2. Затем очищенные флюиды определенным образом «лизируются» и остаются только белки. 


3. Эти белки распределяют на подложке по полосам в соответствии с их массой. Каждому вирусному белку соответствует определенная полоса. 


Давайте посмотрим на то, как подобное «распределение» выглядит на практике.








Microvesicles Are a Source of Contaminating Cellular Proteins Found in Purified HIV-1 Preparations.



Collapse )

Про 253 вида человеческих белков в высокоочищенных вирионах ВИЧ

На этот раз специалист Мила Кустова прислала ссылку на работу "Proteomic and Biochemical Analysis of Purified Human Immunodeficiency Virus Type 1 Produced from Infected Monocyte-Derived Macrophages".

В этой работе авторы специальными методами получили высокоочищенные "вирионы ВИЧ". Далее они анализировали белковый состав этих частиц.

В высокоочищенных вирионах было обнаружено 253 вида белков, которые не входят в геном ВИЧ, но вырабатываются человеческими клетками в процессе своей жизнедеятельности.

Авторы свели выявленные человеческие белки в таблицу 1. Вот ее начало, вообще она очень длинная.



20 белков "ВИЧ" сведены в отдельную таблицу номер 2.

Что можно сказать по данной работе? Безусловно, она доказывает экзогенное происхождение "ВИЧ" с точки зрения специалистов уровня Милы Кустовой. 253 человеческих белка против 20 белков непонятного происхождения, это по-любому вирус.

В этой работе есть еще один любопытнейший момент, о нем позже.

СПИД - это аутоиммунное заболевание

Обнаружилась интереснейшая статья
"Роль аутоиммунной реакции против CD4 в патогенезе СПИДА"

https://cyberleninka.ru/article/v/rol-autoimmunnoy-reaktsii-protiv-cd4-v-patogeneze-spida

Авторы показали, по какому механизму в результате аутоиммунизации организма уменьшается число CD4 клеток. Фактически, показано, что аутоантитела к собственному белку человека CD4 являются единственной причиной клинического СПИДа.

Они, конечно, приплели ВИЧ в качестве пускового механизма этой аутоиммунизации, но сами же привели факты, которые позволяют, на мой взгляд, ВИЧ отцепить.

Вывод в статье соответствующий -СПИД надо лечить как аутоиммунное заболевание. Утверждается бесперпективность применения АРВТ.

Аутоантитела к CD4, согласно статье, присутствуют в 94 процентах (по другим данным в 10-15 процентах) серопозитивных сывороток.
А мы зададимся вопросом, не делают ли именно эти аутоантитела сыворотку серопозитивной?

В ИФА и в иммуноблоте в качестве антигена присутствует белок gp120. Более того, в РФ согласно рекомендациям федерального центра им. Покровского, для положительного иммуноблота достаточно выявления только антител к этому белку.

Белок gp120 в процессе проведения иммуноферментного анализа вполне может связаться с белком CD4 из сыворотки, это известный факт (назовем получившийся комплекс CD4-gp120). Собственно, в организме ВИЧ с помощью gp120 связывается с CD4 рецептором клеток.

Но при иммуноферментном анализе комплекс CD4-gp120 не даст сигнал, так как у него нет "ножки", которая есть только у антител. В технологии ифа к этой ножке "прилипает" специальный индикатор. Таким образом отсекаются не-антитела. Нет ножки, индикатору некуда "прилипнуть".

Но наличие антител к CD4 меняет все дело. Это антитело может связаться с комплексом CD4-gp120. Точнее, оно может связаться с белком CD4 не в том месте, в котором CD4 связывается с gp120 и уже получившийся комплекс CD4-антитело свяжется с gp120 в тесте. В итоге получится комплекс CD4-gp120-антитело, у которого появится "ножка", к которой "прилипнет" индикатор. Ну и будет сигнал.

Вопрос про возможность подобного сценария я, кстати, давно задавал эксперту Дмитрию Иванову https://cryptopolicy.livejournal.com/491.html
Вместо рационального ответа эксперт стал оперировать философскими категориями.

А еще мы помним, что в лизатных тестах присутствуют человеческие белки, может там оказаться и CD4.

Какой практический вывод можно сделать из данной статьи? Существует реальный критерий оценки риска развития СПИДа у пациента - наличие и титр аутоантител к белку CD4.

Попробуем увязать этот материал с предыдущими статьями, для этого отмечу, что есть данные о повышенной экспрессии БТШ при аутоиммунных состояниях.

Что из этого следует?

Понимаете ли, если регулярно кушать химические чипсы, запивать токсичной колой, перенести на ногах инфекцию, то в организм поступает много токсинчиков и чужеродных белков. Обычно это происходит на фоне неполноценного, базирующегося на быстрых углеводах, питания.

Организм вынужден подстраиваться к образу жизни своего владельца. На клеточном уровне это выражается в клеточном стрессе, при котором активируются гены БТШ и ретротранспозоны и наблюдается лабилизация генома. Это может быть похоже на экзогенную ретровирусную инфекцию. Данный процесс будет сопровождаться падением (сначала неспецифическим, без истощения популяции CD4-лимфоцитов) иммунитета и извращением иммунных реакций в сторону аутоиммунизации. А потому что организм не имеет толерантности к собственным БТШ, кроме того, из-за лабилизации генома начинает экспрессироваться много новых белков, кроме того из-за неспецифичного падения иммунитета увеличится кол-во белков чужеродных микроорганизмов. То есть резко вырастет число антигенных детерминант, с которыми приходится иметь дело иммунной системе. Иммунка начнет вырабатывать много разных антител, которые рано или поздно "подойдут" в собственным важным белкам организма. И тут кому как повезет: у кого-то будет аутоиммуное состояние "ревматоидный артрит"; если аутоантитела "подойдут" к CD4, то возникнет аутоиммунное состояние СПИД.